A aquicultura consiste no cultivo de organismos cujo ciclo de vida em condições naturais se dá total ou parcialmente em meio aquático. Pode ser continental ou marinha. Em outras palavras, a aquicultura pode ser compreendida como a produção de pescados (peixes, moluscos, algas, camarões e outros) em cativeiro, ou seja, o estoque é privado. O cultivo e a criação de organismos aquáticos ocorrem em fazendas cujo meio de produção é a água, e não a terra, como nas atividades análogas da agricultura e da pecuária. O Incaper desenvolve diversos trabalhos voltados para incentivar a atividade e incrementar a produção aquícola capixaba.

O Espírito Santo apresenta grande potencial para a atividade, já que possui boa disponibilidade hídrica e clima favorável. De acordo com os dados da Produção da Pecuária Municipal (IBGE, 2013), a produção anual do Espírito Santo era de 6.489,6 toneladas de peixes em 48 municípios e 42.390 milheiros de alevinos em 13 municípios. Em 2015 a produção de peixes foi de 6.669,1 toneladas. Dados do Anuário PEIXE BR (2020) demonstram que o Brasil produziu 722.560 toneladas de peixes de cultivo em 2018 e 758.006 toneladas em 2019, com crescimento de 4,9% sobre o ano anterior. No ES a produção aumentou 7,9%, de 13.180 toneladas em 2018 para 14.230 toneladas em 2019, sendo mais de 90% representada pelo cultivo de tilápias.

Piscicultura: Entre as espécies de água doce, a tilápia é mais cultivada no Espírito Santo, pois possui um desenvolvimento bastante acelerado e excelente aceitação no mercado. O Incaper auxilia os produtores a dominar as tecnologias de produção, orientando-os no que se refere à utilização de tanques rede (gaiolas) ou viveiros escavados, por exemplo. Além disso, o Instituto presta assistência no que se refere às técnicas de filetagem, processamento e beneficiamento e ajuda na comercialização por meio dos programas de governo.

Carcinicultura: A técnica de criação de camarões em viveiros, é uma excelente alternativa de diversificação e aumento de renda na propriedade, pois permite uma boa margem de lucro ao produtor que possui local apropriado para a construção de viveiros. Isso se deve ao fato de o camarão possuir alto valor comercial devido à grande demanda pelo produto no mercado.

Segundo dados da Cooperativa dos Aquicultores do ES (Ceaq), a produção média em 2014 foi de 42 toneladas de camarão beneficiado e 17 toneladas de camarão in natura. Porém, após a crise hídrica de 2015 o Laboratório de Produção de Pós-larvas de Governador Lindenberg foi desativado e atualmente a atividade encontra-se estagnada.

Com objetivo de contornar o problema da disponibilidade hídrica existem algumas alternativas, como a produção de camarão em sistema de recirculação de água e cultivo em bioflocos. Alguns empreendimentos de camarão marinho em sistema de bioflocos estão implantados em Fundão, Santa Leopoldina, Piúma e São Mateus.

Maricultura: A maricultura é a produção de organismos aquáticos no mar. É uma atividade bastante desenvolvida na região Sul do Brasil, litoral de São Paulo e Rio de Janeiro e que deve crescer em todo o país nos próximos anos, devido à grande extensão marítima do país. No Espírito Santo, há projetos pilotos em Aracruz, Guarapari e Piúma. A maricultura é também uma forma de gerar o desenvolvimento socioeconômico das regiões costeiras, gerando emprego e renda para os pescadores, além de elevar a produtividade destas áreas. No Espírito Santo, o Incaper destaca o importante papel que a mulher desempenha na atividade, contribuindo, principalmente, nas etapas de beneficiamento do produto. Muitas mulheres vivem da extração de ostras, sururu e caranguejo, entre outros.

Ranicultura: O Espírito Santo possui áreas propícias para a criação de rãs. Por estar próximo aos grandes mercados consumidores, o Estado tem todos os requisitos necessários à criação comercial. O Espírito Santo já teve uma grande quantidade de ranários, mais de 15, e o Incaper contribui para incentivar a atividade e reduzir os entraves para o desenvolvimento da atividade.

Atualmente, Taiwan e China são os maiores produtores mundiais de rã. Nesses países, o sistema de criação é semi-intensivo, ou seja, os animais passam parte da vida em cativeiro, parte no ambiente. Neste contexto, o Brasil se destaca como maior produtor de rãs em cativeiro, sendo que São Paulo e Rio de Janeiro são os Estados com maior número de ranários do país.